系统发育树生成器
列出生物名称，或贴上 Newick 字符串，AI 会理清分支顺序、按比例画出枝长，并标好支持率和比例尺。不需要序列比对文件，也不用装桌面软件。
系统发育树示例
同一棵进化树的五种画法，每种都配有真实生成的图 —— 点击卡片即可套用样式，或放大查看完整图像。
什么是系统发育树？
系统发育树是一张分支图，表示一组生物 —— 物种、种群或基因 —— 如何从共同祖先分化而来。每个末端是一个分类单元，每个内部节点是其下所有分支的最近共同祖先，节点之间的枝条则代表谱系。它与普通支序图的关键差别在于：这里的枝长是一个量 —— 在枝长树（phylogram）上，它与该谱系累积的演化改变量成正比；在时间树（chronogram）上，它就是时间；比例尺会告诉你读的是哪一种。
已发表的树通常还带两样东西。节点上的支持率 —— 自展值（bootstrap）或贝叶斯后验概率 —— 说明数据在多大程度上支持这一分组；外群则为树定根，使演化方向得以确定。这个系统发育树生成器负责画图：用平实的语言描述类群、贴上 Newick 字符串，或给出你自己的分歧时间，AI 会确定拓扑并画成可直接用于讲课幻灯、学位论文或期刊论文的图。
要点
- 只有当图上有比例尺时，枝长才有含义；没有比例尺，这棵树表述的就只是分支顺序。
- 节点是假设中的共同祖先，不是化石；它通常既没有名字，背后也没有标本。
- 节点上的支持值——自展值或贝叶斯后验概率——描述的是对这个分组的把握程度，而不是它的年代。
- 根的位置由外类群确定。无根树表述同样的亲缘关系，但不给出衍生的方向。
- 并排印在一起的两个末端也可能是远亲：亲疏要沿着节点读，而不是横着看这一页。
系统发育树是怎么生成的
描述这组生物
写下物种名、贴上带枝长的 Newick 字符串、给出分歧时间，或者只写一个类群名 —— 比如“人猿超科”。AI 会推定分支顺序和每条谱系的长度；你没有指定拓扑时，采用目前公认的系统发育关系。
选择树形样式
可以是枝长按比例、节点标有支持率的发表级进化树，可以是横轴以百万年为单位的时间标度树，也可以是带类群色块的综述配图、末端配插图，或者一张白板手绘。
在工作台里细调
生成的树会在工作台中打开，你可以局部修改、调整标签、超分放大，并导出高分辨率文件，用于幻灯片、海报、学位论文或期刊论文。
系统发育树的组成部分
一张已发表的树，携带的信息远不止分支顺序，而多出来的那部分很容易被一眼扫过去。下面这些部件正是承载这些信息的地方——读树时值得逐个确认，也是生成器可以替你标注的：
枝长
谱系在横向上延伸的长度——支序图丢掉的正是这个量。
比例尺
一个枝长单位代表多少，通常是每位点的替换数。
支持率
节点上的自展值或后验概率：数据对这一分叉的支持强度。
节点年代
在时间标度树上，这个节点落在横轴的哪个位置，以百万年计。
外群
目标类群之外的分类单元；没有它，树就没有根，也不陈述演化方向。
末端是否齐平
末端彼此对齐，还是各自停在自己的深度——判断手里是哪一种树的第一眼线索。
姊妹群
从同一个节点分出的两条谱系；在这棵树上，彼此互为最近的亲缘。
拓扑
分支骨架——根、节点、末端与支系——这部分与任何支序图共通。
只有横轴携带信息。末端在纵向上的排列顺序只是画法约定：任何节点下的两支都可以自由旋转，同一棵树画成直角、斜线还是环形，所陈述的亲缘关系一个字都不会变。
根、节点、末端、支系在任何树上含义都相同，支序图也不例外，所以本页不再重复定义。这套术语在这里讲全了： 支序图生成器
怎样读系统发育树才不会读错
读错这类图，几乎都是因为把图上没说的东西读了进去。有三点值得点名：
距离沿着枝条量，而不是顺着纸面量
并排印在一起的两个末端，完全可能是远亲。亲疏取决于两条谱系在哪里汇合 —— 共享最近共同祖先的类群最近 —— 在枝长树上，演化距离是两个末端之间的枝长总和，绝不是它们两行之间的间距。
枝条最长的不等于最“高等”
所有现生末端从根算起经历的时间完全相同。枝条长，说明这条谱系累积了更多改变，通常是因为它演化得快或分出得早，并不意味着它更复杂、更成功或更“现代”。
没有支持率的节点不是定论
自展值 55，说的是数据只是勉强偏向这种分组而已。支持率很低、或干脆不标支持率的树，陈述的是一个假说 —— 真正靠得住的，是那些支持率高的部分。
系统发育树用在什么地方？
论文、学位论文与综述
带准确学名、支持率和比例尺的干净枝长树，可用于引言的背景部分、综述或分类学配图 —— 不用准备数据文件，也不用打开建树软件。
讲课与科普传播
时间标度树和末端配插图，正是幻灯片和科普文章需要的 —— 这类图建树软件不会画，往常得另请插画师。
进化单元、复习笔记与实验报告
进化单元的课件、复习笔记和实验报告：写下类群名，就能得到根、节点、支系和外群都摆对位置的图，也可以要一张白板版直接用于课堂。
支长树、年代树与无根树怎么分辨
先看比例尺。以每位点替换数为单位的是支长树（phylogram），以年或百万年为单位的是年代树（chronogram）；既没有比例尺也没有根的，就是无根树，它只表述亲缘关系。 支序图是第四种情况：末端齐平、没有比例尺，只给出分支顺序。
| 支长树 | 年代树 | 无根树 | |
|---|---|---|---|
| 比例尺的单位 | 每位点替换数 | 年或百万年 | 通常是每位点替换数 |
| 枝长表示 | 演化变化的量 | 经过的时间 | 变化的量 |
| 有没有根 | 有，由外类群确定 | 有 | 没有 |
| 末端是否对齐 | 不对齐 | 对齐，止于现在 | 不对齐 |
| 能否读出分歧年代 | 不能 | 能 | 不能 |
| 常见输入 | 比对好的序列加一个模型 | 序列加化石标定 | 比对好的序列 |
| 是否给出衍生方向 | 是 | 是 | 否 |
无根树不是没做完的树。 当数据无法判断根落在哪里时，无根树才是诚实的输出；没有外类群就强行加根，等于凭空造出一个分析并未给出的结论。
关于系统发育树的常见问题
AI 系统发育树生成器是怎么工作的？
你用平实的语言描述这组生物。AI 会先推定拓扑 —— 哪些分类单元组成各个支系、每条谱系延伸多长、每个节点上标什么值 —— 再用你给的学名画出这棵树。只给一个类群名，它会采用目前公认的系统发育关系和已发表的枝长；给出你自己的树，它就照你的画。
支持 Newick 格式吗？
支持。贴上 Newick 字符串，拓扑会严格按字符串绘制，其中的枝长和支持率也原样保留。手边没有文件也没关系，用文字把分组写出来同样管用 —— 比如“人和黑猩猩先聚在一起，再是大猩猩，最后是猩猩”。
能画带分歧时间的时间标度树吗？
能 —— 选择 时间标度树 样式即可。你可以给出每个节点的年代，也可以只写类群名，由 AI 采用已发表的分歧时间估计。成图会带一条以百万年为单位的横轴，节点年代标在轴上，所有末端都延伸到现在。
这是系统发育分析软件吗？能载入序列比对、算自展值吗？
不是 —— 它做的是用于论文、教学、幻灯片和文章的树*图*，不做系统发育推断。要从序列数据建树，请用 MEGA、RAxML、IQ-TREE、MrBayes 或 iTOL。你提供的支持率会原样画出；你没提供的，则是合理的已发表数值，而不是对你的数据做的计算。
系统发育树和支序图有什么区别？
支序图只表示分支顺序，枝长是随意的。枝长树把枝长对应到演化改变量，时间树则对应到时间。三者都属于系统发育树，按你要表达的内容来挑：如果只关心亲缘关系，用支序图生成器画那张更简洁的图就够了。
系统发育树生成器免费吗？生成的图可以商用吗？
免费方案即可生成（导出带水印）。付费方案去除水印，解锁全部模型和高分辨率导出，生成的图可用于课程、出版物和商业材料。
系统发育树该怎么读
亲疏关系要沿着节点读，而不是横着比末端。 两个类群如果由靠近末端的节点相连，就是近亲；如果要往根的方向回溯才能连上，就是远亲——它们印得多近都不相干。接着看比例尺，弄清枝长代表什么；再看节点标签，了解每个分组的支持程度。
系统发育树上的比例尺是什么意思
它给出枝长的单位，是最该先看的东西。标着 0.05 的比例尺，表示这段枝长对应序列每一百个位点发生五次替换。若标注单位是百万年，说明这棵树经过时间标定。如果图上没有比例尺，就应把枝长当作没有含义。
系统发育树里的外类群是什么
外类群是已知位于所研究类群之外的一个类群，特意纳入是为了给树定根。它指出哪些性状状态是祖先状态，从而确定其余部分的衍生方向。选得太远，定根会不稳定；如果误选了类群内部的成员，树的根就会定错位置。
自展值（bootstrap）代表什么
自展值是重抽样数据集中重现同一支系的比例：95 表示这个分组在 100 次重复里出现了 95 次。它衡量的是数据对该分组支持的稳定程度，既不是年代，也不等于正确。一般认为超过 70 左右算是可以接受的支持；数值低的分支宜按未解决处理。
节点和支系有什么区别
节点是单个分支点，代表其之后所有类群最近的共同祖先。支系则是这个节点连同它的全部后代。也就是说，节点是树上的一个点，支系是挂在这个点下的整个类群——命名一个支系，就是在指认一个节点。
怎样构建一棵系统发育树
如果只是要一张图，用文字描述类群就会绘出目前公认的系统发育关系；也可以把自己分析得到的 Newick 字符串贴进来，按原样绘制。如果是做研究，树本身来自序列数据：先做序列比对，选定替换模型，用最大似然法或贝叶斯推断得到树，再把生成的 Newick 拿到这里作图。
什么是生命之树
生命之树是把所有已知生物联系起来的那一棵系统发育树，根定在细菌、古菌和真核生物分开的位置附近。已发表的版本都是概括：完整的树会有数百万个末端，所以任何画得出来的版本都会把整个类群压缩成一条分支，只呈现这张图能承载的细节。
