系统发育树生成器
列出生物名称,或贴上 Newick 字符串,AI 会理清分支顺序、按比例画出枝长,并标好支持率和比例尺。不需要序列比对文件,也不用装桌面软件。
系统发育树样式
同一棵进化树的五种画法,每种都配有真实生成的图 —— 点击卡片即可套用样式,或放大查看完整图像。
什么是系统发育树?
系统发育树是一张分支图,表示一组生物 —— 物种、种群或基因 —— 如何从共同祖先分化而来。每个末端是一个分类单元,每个内部节点是其下所有分支的最近共同祖先,节点之间的枝条则代表谱系。它与普通支序图的关键差别在于:这里的枝长是一个量 —— 在枝长树(phylogram)上,它与该谱系累积的演化改变量成正比;在时间树(chronogram)上,它就是时间;比例尺会告诉你读的是哪一种。
已发表的树通常还带两样东西。节点上的支持率 —— 自展值(bootstrap)或贝叶斯后验概率 —— 说明数据在多大程度上支持这一分组;外群则为树定根,使演化方向得以确定。这个系统发育树生成器负责画图:用平实的语言描述类群、贴上 Newick 字符串,或给出你自己的分歧时间,AI 会确定拓扑并画成可直接用于讲课幻灯、学位论文或期刊论文的图。
使用方法
描述这组生物
写下物种名、贴上带枝长的 Newick 字符串、给出分歧时间,或者只写一个类群名 —— 比如“人猿超科”。AI 会推定分支顺序和每条谱系的长度;你没有指定拓扑时,采用目前公认的系统发育关系。
选择树形样式
可以是枝长按比例、节点标有支持率的发表级进化树,可以是横轴以百万年为单位的时间标度树,也可以是带类群色块的综述配图、末端配插图,或者一张白板手绘。
在工作台里细调
生成的树会在工作台中打开,你可以局部修改、调整标签、超分放大,并导出高分辨率文件,用于幻灯片、海报、学位论文或期刊论文。
系统发育树的组成部分
一张已发表的树,携带的信息远不止分支顺序,而多出来的那部分很容易被一眼扫过去。下面这些部件正是承载这些信息的地方——读树时值得逐个确认,也是生成器可以替你标注的:
枝长
谱系在横向上延伸的长度——支序图丢掉的正是这个量。
比例尺
一个枝长单位代表多少,通常是每位点的替换数。
支持率
节点上的自展值或后验概率:数据对这一分叉的支持强度。
节点年代
在时间标度树上,这个节点落在横轴的哪个位置,以百万年计。
外群
目标类群之外的分类单元;没有它,树就没有根,也不陈述演化方向。
末端是否齐平
末端彼此对齐,还是各自停在自己的深度——判断手里是哪一种树的第一眼线索。
姊妹群
从同一个节点分出的两条谱系;在这棵树上,彼此互为最近的亲缘。
拓扑
分支骨架——根、节点、末端与支系——这部分与任何支序图共通。
只有横轴携带信息。末端在纵向上的排列顺序只是画法约定:任何节点下的两支都可以自由旋转,同一棵树画成直角、斜线还是环形,所陈述的亲缘关系一个字都不会变。
根、节点、末端、支系在任何树上含义都相同,支序图也不例外,所以本页不再重复定义。这套术语在这里讲全了: 支序图生成器
怎样读系统发育树才不会读错
读错这类图,几乎都是因为把图上没说的东西读了进去。有三点值得点名:
距离沿着枝条量,而不是顺着纸面量
并排印在一起的两个末端,完全可能是远亲。亲疏取决于两条谱系在哪里汇合 —— 共享最近共同祖先的类群最近 —— 在枝长树上,演化距离是两个末端之间的枝长总和,绝不是它们两行之间的间距。
枝条最长的不等于最“高等”
所有现生末端从根算起经历的时间完全相同。枝条长,说明这条谱系累积了更多改变,通常是因为它演化得快或分出得早,并不意味着它更复杂、更成功或更“现代”。
没有支持率的节点不是定论
自展值 55,说的是数据只是勉强偏向这种分组而已。支持率很低、或干脆不标支持率的树,陈述的是一个假说 —— 真正靠得住的,是那些支持率高的部分。
适合谁用?
论文、学位论文与综述
带准确学名、支持率和比例尺的干净枝长树,可用于引言的背景部分、综述或分类学配图 —— 不用准备数据文件,也不用打开建树软件。
讲课与科普传播
时间标度树和末端配插图,正是幻灯片和科普文章需要的 —— 这类图建树软件不会画,往常得另请插画师。
教师与学生
进化单元的课件、复习笔记和实验报告:写下类群名,就能得到根、节点、支系和外群都摆对位置的图,也可以要一张白板版直接用于课堂。
常见问题
AI 系统发育树生成器是怎么工作的?
你用平实的语言描述这组生物。AI 会先推定拓扑 —— 哪些分类单元组成各个支系、每条谱系延伸多长、每个节点上标什么值 —— 再用你给的学名画出这棵树。只给一个类群名,它会采用目前公认的系统发育关系和已发表的枝长;给出你自己的树,它就照你的画。
支持 Newick 格式吗?
支持。贴上 Newick 字符串,拓扑会严格按字符串绘制,其中的枝长和支持率也原样保留。手边没有文件也没关系,用文字把分组写出来同样管用 —— 比如“人和黑猩猩先聚在一起,再是大猩猩,最后是猩猩”。
能画带分歧时间的时间标度树吗?
能 —— 选择 时间标度树 样式即可。你可以给出每个节点的年代,也可以只写类群名,由 AI 采用已发表的分歧时间估计。成图会带一条以百万年为单位的横轴,节点年代标在轴上,所有末端都延伸到现在。
这是系统发育分析软件吗?能载入序列比对、算自展值吗?
不是 —— 它做的是用于论文、教学、幻灯片和文章的树*图*,不做系统发育推断。要从序列数据建树,请用 MEGA、RAxML、IQ-TREE、MrBayes 或 iTOL。你提供的支持率会原样画出;你没提供的,则是合理的已发表数值,而不是对你的数据做的计算。
系统发育树和支序图有什么区别?
支序图只表示分支顺序,枝长是随意的。枝长树把枝长对应到演化改变量,时间树则对应到时间。三者都属于系统发育树,按你要表达的内容来挑:如果只关心亲缘关系,用支序图生成器画那张更简洁的图就够了。
系统发育树生成器免费吗?生成的图可以商用吗?
免费方案即可生成(导出带水印)。付费方案去除水印,解锁全部模型和高分辨率导出,生成的图可用于课程、出版物和商业材料。