AI 作図ツール

系統樹メーカー

生物名を挙げるか、Newick 文字列を貼り付けるだけ。AIが分岐順序を整理し、枝の長さを比率どおりに引き、支持率とスケールバーまで入れた系統樹を描きます。アラインメントファイルもデスクトップソフトも不要です。

系統樹のスタイル

同じ系統樹の5通りの描き方を、実際の生成結果でご覧いただけます。カードをクリックするとそのスタイルが適用され、拡大すると全体を確認できます。

系統樹（枝長つき）

年代較正ツリー

クレード注釈つき

末端イラスト入り

ホワイトボード風

系統樹とは

系統樹は、種・集団・遺伝子といった生物のまとまりが共通祖先からどう分かれてきたかを示す分岐図です。末端はそれぞれ一つの分類群、内部の節点はその先すべての最も新しい共通祖先、そのあいだの枝が系統にあたります。ふつうの分岐図（クラドグラム）と決定的に違うのは、ここでは枝の長さが量を持つことです。系統樹（phylogram）では枝長はその系統に蓄積した進化的変化量に比例し、年代樹（chronogram）では経過時間そのもの。どちらを読んでいるかはスケールバーが教えてくれます。

発表される系統樹には、たいてい二つの要素が加わります。節点に添えられた支持率——ブートストラップ値やベイズ事後確率——は、そのまとまりをデータがどれだけ支持しているかを示します。そして外群がツリーに根を与え、分岐の方向を定めます。この系統樹メーカーが引き受けるのは作図の部分です。グループを普通の言葉で説明する、Newick 文字列を貼る、手元の分岐年代を渡す——それだけで、AIがトポロジーを確定し、講義スライドにも学位論文にも投稿論文にもそのまま使える図に仕上げます。

使い方

グループを説明する

種名を並べる、枝長つきの Newick 文字列を貼る、分岐年代を渡す、あるいは「大型類人猿」のようにグループ名だけを書く——どれでも構いません。AIが分岐順序と各系統の長さを割り出し、指定がなければ現在受け入れられている系統関係を使います。

ツリーのスタイルを選ぶ

枝長を比率どおりに描き節点に支持率を添えた論文向けの系統樹、横軸が百万年単位の年代較正ツリー、クレードを色分けしたレビュー用の図、末端にイラストを添えたもの、ホワイトボード風のスケッチから選べます。

ワークスペースで仕上げる

生成された系統樹はワークスペースで開き、部分的な修正、ラベルの調整、超解像、高解像度での書き出しができます。スライド、ポスター、学位論文、投稿論文にそのまま使えます。

系統樹の各部の名称

発表された系統樹が担っている情報は分岐の順序だけではなく、そこに加わったものほど読み飛ばされやすいところです。以下はその情報を担っている部位で、系統樹を読むたびに確かめる価値があり、ジェネレーターが図中にラベルできる要素でもあります。

枝長

系統が横方向に伸びた長さ。分岐図が捨てているのがこの量です。

スケールバー

枝長1単位の意味。ふつうはサイトあたりの置換数で示します。

支持率

節点のブートストラップ値や事後確率。その分岐をデータがどれだけ支えているか。

節点の年代

年代較正ツリーで、その節点が横軸のどこに位置するか（百万年単位）。

外群

対象グループの外にある分類群。これがないとツリーは根を持たず、方向を示せません。

末端が揃うかどうか

末端が一列に揃うか、それぞれ自分の深さで止まるか。どちらの種類の樹かを見分ける最初の手がかりです。

姉妹群

一つの節点から出る二本の系統。この樹の上では互いが最も近い親戚にあたります。

トポロジー

根・節点・末端・クレードからなる分岐の骨格。ここはどの分岐図とも共通です。

情報を担っているのは横軸だけです。末端の縦の並び順は作図上の約束にすぎません。どの節点でも二つの枝は自由に入れ替えられますし、同じツリーを直角型・斜線型・円形のどれで描いても、示している類縁関係は一つも変わりません。

根・節点・末端・クレードは、分岐図を含めてどの樹でも同じ意味なので、このページでは定義し直していません。その用語は次のページで一通り説明しています。分岐図メーカー

系統樹を読み違えないために

この図をめぐる誤解のほとんどは、ツリーが言っていないことを絵から読み取ってしまうところから生まれます。特に押さえておきたい三つを挙げます。

距離は枝に沿って測る。紙の上の距離ではない

隣り合って印字された二つの末端が、実は遠縁ということもあります。近さを決めるのは系統がどこで合流するか——最も新しい共通祖先を共有する分類群がいちばん近い——であり、枝長つきの系統樹での進化的距離は二つの末端をつなぐ枝長の合計です。行と行の間隔ではありません。

枝がいちばん長いものが「進んでいる」わけではない

現生の末端はどれも、根から数えてまったく同じ時間を経てきています。枝が長いのはその系統により多くの変化が蓄積したということで、たいていは進化速度が速いか、早くに分かれたためです。複雑さや繁栄の度合いとは関係ありません。

支持率のない節点は、確定した関係ではない

ブートストラップ値55は、データがその分け方をかろうじて他より好んでいる、という意味でしかありません。支持率が低い、あるいはまったく示されていないツリーが述べているのは仮説です。頼りにできるのは支持率の高い部分だけです。

こんな方に

論文・学位論文・総説

正確な学名、支持率、スケールバーを備えた見やすい系統樹を、緒言の背景説明や総説、分類学の図版に。データファイルを用意する必要も、作図ソフトを立ち上げる必要もありません。

講義・サイエンスコミュニケーション

年代較正ツリーや末端にイラストを添えた図は、スライドや解説記事がまさに必要とするもの。系統解析ソフトでは描けず、これまではイラストレーターに依頼するしかなかった種類の図です。

教員・学生

進化分野の授業資料、まとめノート、実験レポートに。グループ名を書くだけで、根・節点・クレード・外群が正しく配置された図が得られ、授業用にホワイトボード風の一枚を頼むこともできます。

よくある質問

AI 系統樹ジェネレーターはどう動きますか？

普通の言葉でグループを説明していただくだけです。AIはまずトポロジー——どの分類群がどのクレードを作るか、各系統がどこまで伸びるか、各節点にどの値が入るか——を割り出し、そのうえで指定どおりの学名を末端に置いてツリーを描きます。グループ名だけを渡せば現在受け入れられている系統関係と公表されている枝長を使い、ご自身のツリーを渡せばそちらに従います。

Newick 形式は読めますか？

読めます。Newick 文字列を貼り付ければトポロジーはそのとおりに描かれ、枝長も支持率もそのまま引き継がれます。ファイルが手元になくても、「ヒトとチンパンジーがまず一緒になり、次にゴリラ、最後にオランウータン」のように言葉で書いていただければ同じように機能します。

分岐年代を入れた年代較正ツリーは作れますか？

作れます。年代較正ツリー のスタイルを選んでください。各節点の年代を指定してもよいですし、グループ名だけを渡せばAIが公表されている分岐年代の推定値を使います。図には百万年単位の横軸が入り、節点の年代が軸上に示され、末端はすべて現在まで届きます。

これは系統解析ソフトですか？アラインメントを読み込んだりブートストラップ値を計算したりできますか？

いいえ。論文・授業・スライド・記事のための系統樹の*図*を作るツールであって、系統推定は行いません。配列データからツリーを推定するには MEGA、RAxML、IQ-TREE、MrBayes、iTOL をお使いください。ご指定いただいた支持率はそのまま描きますが、指定のない値はもっともらしい公表値であって、お手元のデータを計算した結果ではありません。

系統樹と分岐図（クラドグラム）の違いは？

分岐図が示すのは分岐の順序だけで、枝の長さに意味はありません。系統樹（phylogram）は枝長を進化的変化量に、年代樹（chronogram）は時間に対応させます。三つとも系統樹の仲間なので、伝えたい内容で選んでください。類縁関係だけが問題なら、分岐図メーカーのほうがすっきりした図になります。