親緣關係樹產生器
列出生物名稱，或貼上 Newick 字串，AI 會理清分支順序、依比例畫出枝長，並標好支持度與比例尺。不需要序列比對檔案，也不用裝桌面軟體。
親緣關係樹範例
同一棵演化樹的五種畫法，每種都配有真實產生的圖 —— 點擊卡片即可套用樣式，或放大檢視完整圖像。
什麼是親緣關係樹？
親緣關係樹是一張分支圖，表示一組生物 —— 物種、族群或基因 —— 如何從共同祖先分化而來。每個末端是一個分類單元，每個內部節點是其下所有分支的最近共同祖先，節點之間的枝條則代表譜系。它與一般支序圖的關鍵差別在於：這裡的枝長是一個量 —— 在枝長樹（phylogram）上，它與該譜系累積的演化改變量成正比；在時間樹（chronogram）上，它就是時間；比例尺會告訴你讀的是哪一種。
已發表的樹通常還帶兩樣東西。節點上的支持度 —— 自助值（bootstrap）或貝氏後驗機率 —— 說明資料在多大程度上支持這個分組；外群則為樹定根，使演化方向得以確定。這個親緣關係樹產生器負責畫圖：用平實的語言描述類群、貼上 Newick 字串，或給出你自己的分歧時間，AI 會確定拓樸並畫成可直接用於授課簡報、學位論文或期刊論文的圖。
重點
- 只有當圖上有比例尺時，枝長才有含義；沒有比例尺，這棵樹表述的就只是分支順序。
- 節點是假設中的共同祖先，不是化石；它通常既沒有名字，背後也沒有標本。
- 節點上的支持值——自舉值或貝氏後驗機率——描述的是對這個分群的把握程度，而不是它的年代。
- 根的位置由外群決定。無根樹表述同樣的親緣關係，但不給出衍生的方向。
- 並排印在一起的兩個末端也可能是遠親：親疏要沿著節點讀，而不是橫著看這一頁。
親緣關係樹是怎麼產生的
描述這組生物
寫下物種名、貼上帶枝長的 Newick 字串、給出分歧時間，或者只寫一個類群名 —— 例如「人猿超科」。AI 會推定分支順序與每條譜系的長度；你沒有指定拓樸時，採用目前公認的親緣關係。
選擇樹形樣式
可以是枝長依比例、節點標有支持度的發表級演化樹，可以是橫軸以百萬年為單位的時間標度樹，也可以是帶類群色塊的綜述配圖、末端配插圖，或者一張白板手繪。
在工作區裡細調
產生的樹會在工作區中開啟，你可以局部修改、調整標籤、超解析度放大，並匯出高解析度檔案，用於簡報、海報、學位論文或期刊論文。
親緣關係樹的組成部分
一張已發表的樹，攜帶的資訊遠不止分支順序，而多出來的那部分很容易被一眼掃過去。下面這些部件正是承載這些資訊的地方——讀樹時值得逐個確認，也是產生器可以替你標註的：
枝長
譜系在橫向上延伸的長度——支序圖丟掉的正是這個量。
比例尺
一個枝長單位代表多少，通常是每位點的置換數。
支持度
節點上的自助值或後驗機率：資料對這個分叉的支持強度。
節點年代
在時間標度樹上，這個節點落在橫軸的哪個位置，以百萬年計。
外群
目標類群之外的分類單元；沒有它，樹就沒有根，也不陳述演化方向。
末端是否齊平
末端彼此對齊，還是各自停在自己的深度——判斷手上是哪一種樹的第一眼線索。
姊妹群
從同一個節點分出的兩條譜系；在這棵樹上，彼此互為最近的親緣。
拓樸
分支骨架——根、節點、末端與支系——這部分與任何支序圖共通。
只有橫軸攜帶資訊。末端在縱向上的排列順序只是畫法慣例：任何節點下的兩支都可以自由旋轉，同一棵樹畫成直角、斜線還是環形，所陳述的親緣關係一個字都不會變。
根、節點、末端、支系在任何樹上含義都相同，支序圖也不例外，所以本頁不再重複定義。這套術語在這裡講全了： 支序圖產生器
怎樣讀親緣關係樹才不會讀錯
讀錯這類圖，幾乎都是因為把圖上沒說的東西讀了進去。有三點值得點名：
距離沿著枝條量，而不是順著版面量
並排印在一起的兩個末端，完全可能是遠親。親疏取決於兩條譜系在哪裡匯合 —— 共享最近共同祖先的類群最近 —— 在枝長樹上，演化距離是兩個末端之間的枝長總和，絕不是它們兩列之間的間距。
枝條最長的不等於最「高等」
所有現生末端從根算起經歷的時間完全相同。枝條長，說明這條譜系累積了更多改變，通常是因為它演化得快或分出得早，並不意味著它更複雜、更成功或更「現代」。
沒有支持度的節點不是定論
自助值 55，說的是資料只是勉強偏向這種分組而已。支持度很低、或乾脆不標支持度的樹，陳述的是一個假說 —— 真正靠得住的，是那些支持度高的部分。
親緣關係樹用在哪些地方？
論文、學位論文與綜述
帶正確學名、支持度與比例尺的乾淨枝長樹，可用於前言的背景部分、綜述或分類學配圖 —— 不用準備資料檔，也不用打開建樹軟體。
授課與科普傳播
時間標度樹和末端配插圖，正是簡報和科普文章需要的 —— 這類圖建樹軟體不會畫，往常得另請插畫師。
進化單元、複習筆記與實驗報告
演化單元的教材、複習筆記與實驗報告：寫下類群名，就能得到根、節點、支系和外群都擺對位置的圖，也可以要一張白板版直接用於課堂。
支長樹、年代樹與無根樹怎麼分辨
先看比例尺。以每位點置換數為單位的是支長樹（phylogram），以年或百萬年為單位的是年代樹（chronogram）；既沒有比例尺也沒有根的，就是無根樹，只表述親緣關係。 支序圖是第四種情況：末端齊平、沒有比例尺，只給出分支順序。
| 支長樹 | 年代樹 | 無根樹 | |
|---|---|---|---|
| 比例尺的單位 | 每位點置換數 | 年或百萬年 | 通常是每位點置換數 |
| 枝長表示 | 演化變化的量 | 經過的時間 | 變化的量 |
| 有沒有根 | 有，由外群決定 | 有 | 沒有 |
| 末端是否對齊 | 不對齊 | 對齊，止於現在 | 不對齊 |
| 能否讀出分歧年代 | 不能 | 能 | 不能 |
| 常見輸入 | 比對好的序列加一個模型 | 序列加化石校訂 | 比對好的序列 |
| 是否給出衍生方向 | 是 | 是 | 否 |
無根樹不是沒做完的樹。 當資料無法判斷根落在哪裡時，無根樹才是誠實的輸出；沒有外群就硬加上根，等於憑空造出一個分析並未給出的結論。
關於親緣關係樹的常見問題
AI 親緣關係樹產生器是怎麼運作的？
你用平實的語言描述這組生物。AI 會先推定拓樸 —— 哪些分類單元組成各個支系、每條譜系延伸多長、每個節點上標什麼值 —— 再用你給的學名畫出這棵樹。只給一個類群名，它會採用目前公認的親緣關係和已發表的枝長；給出你自己的樹，它就照你的畫。
支援 Newick 格式嗎？
支援。貼上 Newick 字串，拓樸會嚴格依字串繪製，其中的枝長和支持度也原樣保留。手邊沒有檔案也沒關係，用文字把分組寫出來同樣管用 —— 例如「人和黑猩猩先聚在一起，再是大猩猩，最後是紅毛猩猩」。
能畫帶分歧時間的時間標度樹嗎？
可以 —— 選擇 時間標度樹 樣式即可。你可以給出每個節點的年代，也可以只寫類群名，由 AI 採用已發表的分歧時間估計。成圖會帶一條以百萬年為單位的橫軸，節點年代標在軸上，所有末端都延伸到現在。
這是親緣關係分析軟體嗎？能載入序列比對、算自助值嗎？
不是 —— 它做的是用於論文、教學、簡報和文章的樹*圖*，不做親緣關係推論。要從序列資料建樹，請用 MEGA、RAxML、IQ-TREE、MrBayes 或 iTOL。你提供的支持度會原樣畫出；你沒提供的，則是合理的已發表數值，而不是對你的資料所做的計算。
親緣關係樹和支序圖有什麼差別？
支序圖只表示分支順序，枝長是任意的。枝長樹把枝長對應到演化改變量，時間樹則對應到時間。三者都屬於親緣關係樹，依你要表達的內容來挑：如果只在意親緣關係，用支序圖產生器畫那張更簡潔的圖就夠了。
親緣關係樹產生器免費嗎？產生的圖可以商用嗎？
免費方案即可產生（匯出帶浮水印）。付費方案移除浮水印，解鎖全部模型與高解析度匯出，產生的圖可用於課程、出版品和商業素材。
親緣關係樹該怎麼讀
親疏關係要沿著節點讀，而不是橫著比末端。 兩個類群如果由靠近末端的節點相連，就是近親；如果要往根的方向回溯才連得上，就是遠親——牠們印得多近都不相干。接著看比例尺，弄清枝長代表什麼；再看節點標籤，了解每個分群的支持程度。
親緣關係樹上的比例尺是什麼意思
它給出枝長的單位，是最該先看的東西。標著 0.05 的比例尺，表示這段枝長對應序列每一百個位點發生五次置換。若標註單位是百萬年，代表這棵樹經過時間校訂。如果圖上沒有比例尺，就應把枝長當作沒有含義。
親緣關係樹裡的外群是什麼
外群是已知位於所研究類群之外的一個類群，特意納入是為了替樹定根。它指出哪些性狀狀態屬於祖徵，從而確定其餘部分的衍生方向。選得太遠，定根會不穩定；若誤選了類群內部的成員，樹的根就會定錯位置。
自舉值（bootstrap）代表什麼
自舉值是重抽樣資料集中重現同一演化支的比例：95 表示這個分群在 100 次重複裡出現了 95 次。它衡量的是資料對該分群支持的穩定程度，既不是年代，也不等於正確。一般認為超過 70 左右算是可接受的支持；數值低的分支宜當作未解決處理。
節點和演化支有什麼區別
節點是單個分支點，代表其之後所有類群最近的共同祖先。演化支則是這個節點連同它的全部後裔。也就是說，節點是樹上的一個點，演化支是掛在這個點下的整個類群——命名一個演化支，就是在指認一個節點。
怎樣建構一棵親緣關係樹
如果只是要一張圖，用文字描述類群就會繪出目前公認的親緣關係；也可以把自己分析得到的 Newick 字串貼進來，按原樣繪製。如果是做研究，樹本身來自序列資料：先做序列比對，選定置換模型，用最大概似法或貝氏推論得到樹，再把產生的 Newick 拿到這裡作圖。
什麼是生命之樹
生命之樹是把所有已知生物聯繫起來的那一棵親緣關係樹，根定在細菌、古菌與真核生物分開的位置附近。已發表的版本都是概括：完整的樹會有數百萬個末端，所以任何畫得出來的版本都會把整個類群壓縮成一條分支，只呈現這張圖能承載的細節。
