親緣關係樹產生器
列出生物名稱,或貼上 Newick 字串,AI 會理清分支順序、依比例畫出枝長,並標好支持度與比例尺。不需要序列比對檔案,也不用裝桌面軟體。
親緣關係樹樣式
同一棵演化樹的五種畫法,每種都配有真實產生的圖 —— 點擊卡片即可套用樣式,或放大檢視完整圖像。
什麼是親緣關係樹?
親緣關係樹是一張分支圖,表示一組生物 —— 物種、族群或基因 —— 如何從共同祖先分化而來。每個末端是一個分類單元,每個內部節點是其下所有分支的最近共同祖先,節點之間的枝條則代表譜系。它與一般支序圖的關鍵差別在於:這裡的枝長是一個量 —— 在枝長樹(phylogram)上,它與該譜系累積的演化改變量成正比;在時間樹(chronogram)上,它就是時間;比例尺會告訴你讀的是哪一種。
已發表的樹通常還帶兩樣東西。節點上的支持度 —— 自助值(bootstrap)或貝氏後驗機率 —— 說明資料在多大程度上支持這個分組;外群則為樹定根,使演化方向得以確定。這個親緣關係樹產生器負責畫圖:用平實的語言描述類群、貼上 Newick 字串,或給出你自己的分歧時間,AI 會確定拓樸並畫成可直接用於授課簡報、學位論文或期刊論文的圖。
使用方式
描述這組生物
寫下物種名、貼上帶枝長的 Newick 字串、給出分歧時間,或者只寫一個類群名 —— 例如「人猿超科」。AI 會推定分支順序與每條譜系的長度;你沒有指定拓樸時,採用目前公認的親緣關係。
選擇樹形樣式
可以是枝長依比例、節點標有支持度的發表級演化樹,可以是橫軸以百萬年為單位的時間標度樹,也可以是帶類群色塊的綜述配圖、末端配插圖,或者一張白板手繪。
在工作區裡細調
產生的樹會在工作區中開啟,你可以局部修改、調整標籤、超解析度放大,並匯出高解析度檔案,用於簡報、海報、學位論文或期刊論文。
親緣關係樹的組成部分
一張已發表的樹,攜帶的資訊遠不止分支順序,而多出來的那部分很容易被一眼掃過去。下面這些部件正是承載這些資訊的地方——讀樹時值得逐個確認,也是產生器可以替你標註的:
枝長
譜系在橫向上延伸的長度——支序圖丟掉的正是這個量。
比例尺
一個枝長單位代表多少,通常是每位點的置換數。
支持度
節點上的自助值或後驗機率:資料對這個分叉的支持強度。
節點年代
在時間標度樹上,這個節點落在橫軸的哪個位置,以百萬年計。
外群
目標類群之外的分類單元;沒有它,樹就沒有根,也不陳述演化方向。
末端是否齊平
末端彼此對齊,還是各自停在自己的深度——判斷手上是哪一種樹的第一眼線索。
姊妹群
從同一個節點分出的兩條譜系;在這棵樹上,彼此互為最近的親緣。
拓樸
分支骨架——根、節點、末端與支系——這部分與任何支序圖共通。
只有橫軸攜帶資訊。末端在縱向上的排列順序只是畫法慣例:任何節點下的兩支都可以自由旋轉,同一棵樹畫成直角、斜線還是環形,所陳述的親緣關係一個字都不會變。
根、節點、末端、支系在任何樹上含義都相同,支序圖也不例外,所以本頁不再重複定義。這套術語在這裡講全了: 支序圖產生器
怎樣讀親緣關係樹才不會讀錯
讀錯這類圖,幾乎都是因為把圖上沒說的東西讀了進去。有三點值得點名:
距離沿著枝條量,而不是順著版面量
並排印在一起的兩個末端,完全可能是遠親。親疏取決於兩條譜系在哪裡匯合 —— 共享最近共同祖先的類群最近 —— 在枝長樹上,演化距離是兩個末端之間的枝長總和,絕不是它們兩列之間的間距。
枝條最長的不等於最「高等」
所有現生末端從根算起經歷的時間完全相同。枝條長,說明這條譜系累積了更多改變,通常是因為它演化得快或分出得早,並不意味著它更複雜、更成功或更「現代」。
沒有支持度的節點不是定論
自助值 55,說的是資料只是勉強偏向這種分組而已。支持度很低、或乾脆不標支持度的樹,陳述的是一個假說 —— 真正靠得住的,是那些支持度高的部分。
適合誰用?
論文、學位論文與綜述
帶正確學名、支持度與比例尺的乾淨枝長樹,可用於前言的背景部分、綜述或分類學配圖 —— 不用準備資料檔,也不用打開建樹軟體。
授課與科普傳播
時間標度樹和末端配插圖,正是簡報和科普文章需要的 —— 這類圖建樹軟體不會畫,往常得另請插畫師。
教師與學生
演化單元的教材、複習筆記與實驗報告:寫下類群名,就能得到根、節點、支系和外群都擺對位置的圖,也可以要一張白板版直接用於課堂。
常見問題
AI 親緣關係樹產生器是怎麼運作的?
你用平實的語言描述這組生物。AI 會先推定拓樸 —— 哪些分類單元組成各個支系、每條譜系延伸多長、每個節點上標什麼值 —— 再用你給的學名畫出這棵樹。只給一個類群名,它會採用目前公認的親緣關係和已發表的枝長;給出你自己的樹,它就照你的畫。
支援 Newick 格式嗎?
支援。貼上 Newick 字串,拓樸會嚴格依字串繪製,其中的枝長和支持度也原樣保留。手邊沒有檔案也沒關係,用文字把分組寫出來同樣管用 —— 例如「人和黑猩猩先聚在一起,再是大猩猩,最後是紅毛猩猩」。
能畫帶分歧時間的時間標度樹嗎?
可以 —— 選擇 時間標度樹 樣式即可。你可以給出每個節點的年代,也可以只寫類群名,由 AI 採用已發表的分歧時間估計。成圖會帶一條以百萬年為單位的橫軸,節點年代標在軸上,所有末端都延伸到現在。
這是親緣關係分析軟體嗎?能載入序列比對、算自助值嗎?
不是 —— 它做的是用於論文、教學、簡報和文章的樹*圖*,不做親緣關係推論。要從序列資料建樹,請用 MEGA、RAxML、IQ-TREE、MrBayes 或 iTOL。你提供的支持度會原樣畫出;你沒提供的,則是合理的已發表數值,而不是對你的資料所做的計算。
親緣關係樹和支序圖有什麼差別?
支序圖只表示分支順序,枝長是任意的。枝長樹把枝長對應到演化改變量,時間樹則對應到時間。三者都屬於親緣關係樹,依你要表達的內容來挑:如果只在意親緣關係,用支序圖產生器畫那張更簡潔的圖就夠了。
親緣關係樹產生器免費嗎?產生的圖可以商用嗎?
免費方案即可產生(匯出帶浮水印)。付費方案移除浮水印,解鎖全部模型與高解析度匯出,產生的圖可用於課程、出版品和商業素材。