支序圖產生器
列出生物名稱，或貼上性狀表格，AI 會理出巢狀的演化支並畫出分支正確的演化樹。不需要序列比對檔，也不必安裝桌面軟體。
支序圖範例
同一棵演化樹的五種畫法，每種都附上實際產生的圖 —— 點卡片即可套用樣式，或放大查看完整影像。
什麼是支序圖？
支序圖（cladogram）是一種分支圖，表示一群生物之間源自共同祖先的親緣關係。每個末端是一個類群，每個分支點（節點）代表其上方所有類群最近的共同祖先，而任一節點連同它的全部後裔就構成一個演化支（clade）。分支上通常標註在該處首次出現的衍生性狀——共衍徵。這正是支序圖不只是一幅畫、而是一項論證的原因：共有性狀的巢狀關係，就是類群巢狀關係的證據。
支序圖只表達分支順序，枝長沒有任何意義。這正是它與 phylogram（枝長正比於遺傳變化量）以及 chronogram（枝長代表時間）的差別。這個支序圖產生器負責製圖——用平常的話描述這群生物，或者貼上性狀表，AI 會解出拓樸並畫成可直接用於學習單、講義、學位論文或期刊論文的圖。
重點
- 支序圖只表示分支的先後順序。分支的長度沒有含義，畫得長並不代表變化更多或時間更久。
- 演化支是指某個節點連同它的全部後裔；命名一個演化支，指的是指向一個節點，而不是圖上的某一片區域。
- 分支上標註的是共衍徵——在該節點首次出現、並為其上方所有類群共有的衍生性狀。
- 決定根落在哪裡的是外群；沒有外群，同樣的分支形態就沒有方向。
- 在任何節點上旋轉分支，都會得到一張外觀不同、但完全相同的樹。
支序圖是怎麼產生的
描述這群生物
列出生物名稱、貼上性狀矩陣、給一段 Newick 字串，或者只寫類群名稱——「人科的幾種猿」。AI 會理出巢狀的演化支；你沒有指定拓樸時，就採用目前公認的親緣關係。
選擇樹形樣式
每個分支點都標出性狀的經典教學階梯圖、適合發表的乾淨直角樹、樹與其性狀矩陣並排的組合圖、末端配上生物插圖的版本，或是白板手繪風。
在工作區裡調整
支序圖會在你的工作區開啟，可以局部重繪、調整標籤、超解析放大，並匯出高解析度檔案，用於講義、簡報、海報或論文。
支序圖的組成元素
各種教科書與期刊上的支序圖都讀得懂，是因為它們都由同一批基本元素構成。以下是閱讀支序圖時會遇到的術語，也是產生器可以幫你標註的部分：
根
樹的基部——圖中所有類群的共同祖先。
節點
分支點：由此分開的各支系最近的共同祖先。
分支
兩個節點之間的一條譜系，長度不表達任何意義。
末端（類群）
被比較的終端單位——一個物種、屬或更大的類群。
演化支
一個節點連同它的全部後裔，不多也不少。
外群
研究類群之外的類群，用來決定樹的根。
共衍徵
衍生性狀，標在首次出現處，此後各支共有。
多分支
同一節點分出三支以上——先後順序尚未解決。
同一棵樹可以有很多種畫法。支序圖可以畫成直角式、斜線式或階梯式，任何節點上的分支都可以自由旋轉——這些都不會改變它所陳述的親緣關係。兩張看起來完全不像的圖，可能是同一棵樹。
怎麼讀支序圖才不會讀錯
對這類圖的誤解，幾乎都來自把畫法當成了圖本身的主張。三點值得單獨點出來：
最右邊的類群不是「最進化的」
末端的排列位置只是製圖慣例，不是排名。所有現生末端從根算起經歷的時間完全一樣——苔蘚和向日葵一樣「現代」。把任何節點上的分支旋轉一下，樹並沒有改變。
親疏要沿著節點看，不是按紙面距離看
兩個並排印在一起的末端可能是遠親。關鍵在於牠們的譜系在哪裡交會：共有最近共同祖先的類群關係最近，無論在圖上離得多遠。
末端之間不存在祖先關係
支序圖從不表示某個現生類群是另一個現生類群的後裔。祖先位於節點上，而且這些祖先是假設性的——由性狀推論而來，並不是圖上畫出的哪一個生物。
支序圖用在哪些地方？
學習單、複習筆記與實驗報告
演化單元的學習單、複習筆記和實驗報告——從性狀表建樹，矩陣和圖一次出在同一張圖裡；上課本身則可以用白板手繪版。
演講與科普傳播
帶插圖的版式會在每個末端配一個生物形象，正是簡報和科普文章需要的那種圖——親緣分析軟體畫不出來，找插畫師則得另外委託。
論文、學位論文與海報
乾淨的直角樹，類群名稱和演化支標籤都精確，可用於背景章節、綜述或海報的一欄，不必開建樹軟體，也不用準備資料檔。
支序圖、支長樹與年代樹的差別
支序圖是親緣關係樹的一種，只表示分支順序，別無其他。支長樹（phylogram）的枝長與遺傳變化量成正比；年代樹（chronogram）的枝長表示時間。三者主張的親緣關係相同，但只有支序圖不對「變化了多少」和「過了多久」做出任何斷言。 問一張圖「是支序圖還是親緣關係樹」，其實是在問它的枝長有沒有含義。
| 支序圖 | 支長樹 | 年代樹 | |
|---|---|---|---|
| 枝長表示 | 不表示任何東西 | 遺傳變化的量 | 經過的時間 |
| 末端是否對齊 | 對齊，右端齊平 | 不對齊，變化到哪就止於哪 | 對齊，止於現在 |
| 有無時間軸 | 沒有 | 沒有 | 有，以年或百萬年為單位 |
| 依據 | 共有的衍生性狀 | 序列資料加一個模型 | 序列加化石校訂 |
| 是否給出分支順序 | 是 | 是 | 是 |
| 能否回答「差異有多大」 | 不能 | 能 | 不能 |
| 能否回答「距今多久」 | 不能 | 不能 | 能 |
支序圖並不比支長樹「更不準確」，它只是主張得更少。如果你的資料支持分支順序卻支持不了變化速率，畫支序圖才是誠實的做法。
關於支序圖的常見問題
AI 支序圖產生器是怎麼運作的？
你用平常的話描述這群生物。AI 會先理出巢狀的演化支——哪些類群構成每個支系、每個節點由什麼衍生性狀標記——然後把樹畫出來，末端用你給的類群名稱。只給一個類群名稱，它就採用目前公認的親緣關係；給它一張性狀矩陣，它就建出這份資料所支持的樹。
可以從性狀表格建樹嗎？
可以，而且這是它最擅長的用法之一。把表格貼進去，選 樹 + 性狀矩陣 樣式：衍生性狀最少的類群會成為外群，每個性狀標註在它首次出現的節點上，成圖會把樹和它所依據的矩陣並排畫出來——正是課堂練習要的那張圖。
能讀 Newick，或是我已經確定好的拓樸嗎？
可以。貼一段 Newick 字串，或直接把拓樸寫清楚，圖會嚴格按你指定的畫，不會被「訂正」成教科書版本。如果你要求的結構與公認的親緣關係衝突，圖仍照你的要求畫，工作區裡的說明會指出這一點。
這是親緣分析軟體嗎？能載入序列比對或給出自舉值嗎？
不是——它做的是用於教學、發表、簡報和文章的樹*圖*，不做親緣推論。如果你需要從序列資料推估樹並給出支持度，請用 MEGA、RAxML、IQ-TREE 或 iTOL；如果你要的是一分鐘左右拿到一張乾淨、看起來正確的支序圖，這條路更快。
支序圖和親緣關係樹有什麼差別？
支序圖也是親緣關係樹，但它只表達分支順序，枝長是任意的。phylogram 的枝長正比於演化改變量，chronogram 的枝長代表時間。教學材料和大多數概念性配圖用的都是支序圖，因為要說的就是親緣關係本身。
支序圖產生器免費嗎？產生的圖能商用嗎？
免費方案即可產生支序圖（匯出帶浮水印）。付費方案移除浮水印，並解鎖全部模型與高解析度匯出；你可以把這些圖用於課程、出版品和商業素材。
支序圖該怎麼讀
要看節點，而不是橫著看這一頁。 兩個末端如果由靠近末端的節點相連，就是近親；如果要一路下到根部才連得上，就是遠親——它們在紙面上靠得多近都不相干。末端不是從左到右排名次的，現生的末端之間也沒有誰「更進化」：從根算起，每一個末端經歷的時間都一樣長。
什麼是演化支（clade）
演化支是樹上的某個節點連同它的全部後裔，一個都不能少。 鳥類和鱷類加上牠們的共同祖先構成一個演化支；而通常意義上的「爬蟲類」不是，因為這個說法把鳥排除在外，卻又包含了鳥的祖先。漏掉部分後裔的類群叫並系群，把不相關的分支拼湊在一起的叫多系群，兩者都不是演化支。
什麼是外群，支序圖為什麼需要它
外群是已知位於所研究類群之外的一個類群，用來判斷哪些性狀狀態屬於祖徵，從而確定根的位置。沒有外群，分支形態就沒有方向：同一棵樹可以在好幾個位置生根，而每種生根方式對親緣關係的說法都大不相同。
支序圖上的節點代表什麼
節點代表其上方所有類群最近的共同祖先。它是一個假設，不是一塊化石：它代表由性狀證據推斷出曾經存在過的祖先族群，通常既沒有名字，也沒有對應的標本。
什麼是共衍徵
共衍徵是某個演化支全體成員共有的衍生性狀，因為它最早出現在牠們的共同祖先身上——例如鳥類的羽毛，或把鳥類和鱷類合在一起的四腔心臟。共衍徵是分群的證據；單純的祖徵，或各自獨立演化出來的性狀，都不是。
怎樣從零開始做一張支序圖
先列一張性狀表：類群排成列，性狀排成欄，並把外群也放進去。與其餘類群共有衍生性狀最少的那一類先分出去，此後每多一個衍生性狀就決定下一個節點。把這張表貼進來，就會直接據此建構樹形；只用文字描述類群的話，則採用目前公認的親緣關係。
兩張看起來不同的支序圖會表示同樣的關係嗎
會，而且這是最常見的誤讀。 任何節點上的分支都可以自由旋轉，同一棵樹可以畫成直角式、傾斜式或階梯式。兩張看上去毫不相像的圖，完全可能是同一棵樹——真正帶著資訊的只有節點的巢狀關係。
