Créateur de cladogramme
Un générateur de cladogrammes qui regroupe les organismes en clades emboîtés selon leurs caractères dérivés partagés, en échelle, en arbre rectangulaire ou avec sa matrice de caractères. Conçu pour les fiches sur l'évolution et les TP.
Exemples de cladogrammes
Cinq façons dont le créateur de cladogramme peut dessiner un même type d’arbre, chacune montrée par un rendu réel. Cliquez sur une carte pour appliquer le style, ou zoomez pour voir l’image entière.
Qu'est-ce qu'un cladogramme ?
Un cladogramme est un diagramme ramifié qui représente les liens de descendance entre organismes. Chaque extrémité est un taxon, chaque point de branchement (nœud) est l'ancêtre commun le plus récent de tout ce qui se trouve au-dessus, et tout nœud accompagné de l'ensemble de ses descendants forme un clade. Les branches portent en général les caractères dérivés qui y apparaissent pour la première fois — les synapomorphies. C'est ce qui fait de l'arbre un argument et non une simple image : l'emboîtement des caractères partagés constitue la preuve de l'emboîtement des groupes.
Un cladogramme n'indique que l'ordre de branchement ; la longueur de ses branches ne signifie rien. C'est ce qui le distingue du phylogramme, où la longueur est proportionnelle au changement génétique, et du chronogramme, où elle représente le temps. Ce créateur de cladogramme se charge de la figure : décrivez le groupe en langage courant ou collez le tableau de caractères, l'IA résout la topologie et la dessine, prête pour une fiche d'exercice, une diapositive de cours, une thèse ou un article.
L’essentiel
- Un cladogramme n’indique que l’ordre de ramification : la longueur de ses branches ne signifie rien, une branche longue ne traduit donc ni plus de changement ni plus de temps.
- Un clade est un nœud et l’ensemble de ses descendants ; nommer un clade, c’est désigner un nœud, pas une zone du dessin.
- Les branches portent des synapomorphies — des caractères dérivés qui apparaissent pour la première fois à ce nœud et que partagent tous les taxons au-dessus.
- Le groupe externe est ce qui indique où placer la racine ; sans lui, le même schéma de ramification n’a pas de sens de lecture.
- Faire pivoter les branches d’un nœud produit un dessin d’allure différente représentant exactement le même arbre.
- Le créateur de cladogramme suit les mêmes règles : l’ordre de ramification seulement, chaque caractère au nœud où il apparaît pour la première fois, et un groupe externe pour enraciner l’arbre.
Comment fonctionne le générateur de cladogrammes ?
Indiquez le groupe au créateur de cladogramme
Nommez les organismes, collez une matrice de caractères, donnez une chaîne Newick, ou nommez simplement le groupe : « les grands singes ». Le créateur de cladogramme dégage les clades emboîtés et s’appuie sur la phylogénie admise si vous n’en imposez pas une.
Choisissez un style d'arbre
Le créateur de cladogramme en propose cinq : l’échelle pédagogique classique avec un caractère marqué à chaque point de branchement, un arbre rectangulaire net pour la publication, l’arbre accompagné de la matrice de caractères dont il est issu, des extrémités illustrées, ou un croquis au tableau blanc.
Peaufinez dans l’espace de travail du créateur de cladogramme
Le cladogramme s’ouvre dans votre espace de travail : vous pouvez y retoucher des zones, ajuster les étiquettes, agrandir l’image et l’exporter en haute résolution pour des polycopiés, des diapositives, des posters ou des articles.
Des demandes qui fonctionnent dans le créateur de cladogramme
Le créateur de cladogramme accepte les mêmes formes d’entrée qu’un exercice de manuel. En voici six qui couvrent la plupart des cas, chacune avec ce qu’elle donne.
Cladogram of the great apesLe créateur de cladogramme s’appuie sur la phylogénie admise, place le gibbon sur la première branche et étiquette les nœuds de Hominoidea à Hominini.
Lamprey, shark, salamander, lizard, mouseLes taxons seuls suffisent. Le créateur de cladogramme résout l’ordre et marque le caractère dérivé à chaque nœud.
Lamprey 0 0 0 0; Shark 1 0 0 0; Frog 1 1 0 0; Lizard 1 1 1 0; Mouse 1 1 1 1 (jaws, four limbs, amniotic egg, hair)Le créateur de cladogramme enracine l’arbre sur la ligne qui a le moins d’états dérivés et dessine l’arbre à côté de la matrice.
((Gibbon,(Orangutan,(Gorilla,(Chimpanzee,Human)))));Le créateur de cladogramme dessine exactement cette topologie, sans la corriger.
Cladogram of the land plants, green alga as the outgroupNommer le groupe externe indique au créateur de cladogramme où placer la racine quand le tableau est ambigu.
Archosaurs from crocodile to pigeon, illustrated tips, one silhouette per taxonLes mots de style en fin de demande priment sur la capsule : le créateur de cladogramme peut ainsi dessiner un même arbre de cinq façons à partir du même texte.
Du tableau de caractères au cladogramme : comment le créateur de cladogramme le lit
L’exercice classique en SVT, c’est un tableau 0/1 et la consigne « construire le cladogramme ». Voici ce que fait le créateur de cladogramme d’un tel tableau, avec cinq vertébrés et quatre caractères.
| Mâchoires | Quatre membres | Œuf amniotique | Poils | |
|---|---|---|---|---|
| Lamproie | 0 | 0 | 0 | 0 |
| Requin | 1 | 0 | 0 | 0 |
| Grenouille | 1 | 1 | 0 | 0 |
| Lézard | 1 | 1 | 1 | 0 |
| Souris | 1 | 1 | 1 | 1 |
- 1
Trouver le groupe externe
La ligne qui compte le moins de caractères dérivés est celle de la lamproie, toutes ses cases à 0 : le créateur de cladogramme enracine donc l’arbre sur elle et traite les quatre autres comme le groupe étudié.
- 2
Ordonner les caractères
Comptez les taxons qui partagent chacun d’eux : mâchoires quatre, quatre membres trois, œuf amniotique deux, poils un. Le créateur de cladogramme fait ce décompte pour vous ; chaque effectif correspond à un niveau d’emboîtement.
- 3
Placer chaque caractère à un seul nœud
Les mâchoires vont sur la branche qui suit la séparation de la lamproie, les quatre membres après le requin, l’œuf amniotique après la grenouille, les poils sur la branche propre à la souris. Deux caractères de même effectif partageraient un nœud.
- 4
Vérifier les conflits
Si un caractère était partagé par le requin et la souris mais pas par la grenouille et le lézard, aucun emboîtement ne conviendrait. Le créateur de cladogramme n’en force pas un : il signale le caractère dans la note de l’espace de travail, pour que vous décidiez s’il est apparu deux fois ou s’il a été mal codé.
- 5
Lire le résultat
Le lézard et la souris se rejoignent au nœud le plus récent : c’est la paire la plus proche. Le requin est plus proche parent de la souris que ne l’est la lamproie, quel que soit l’ordre d’impression des extrémités. C’est aussi ainsi que se lit tout arbre rendu par le créateur de cladogramme.
Choisissez le style Arbre + matrice de caractères et le créateur de cladogramme imprime le tableau à côté de l’arbre, pour que le lecteur puisse vérifier chaque marque par rapport aux données. La figure ci-dessous est ce rendu pour ce tableau.
Groupes emboîtés et arbre disent la même chose
Un cladogramme est un ensemble de groupes emboîtés dessiné de côté, et c’est sous cette forme que le créateur de cladogramme le garde en mémoire avant de le dessiner. Chaque nœud est une boîte, chaque boîte dans une boîte est une branche dans une branche, et un taxon seul dans sa boîte est la lignée qui s’est séparée à ce nœud. Les exercices de SVT qui donnent une classification en boîtes emboîtées, ou un diagramme de Venn des caractères partagés, et demandent l’arbre vous demandent de redessiner la même information.
Le chemin inverse est tout aussi mécanique : partez de la racine, tracez la boîte la plus extérieure, puis avancez vers l’intérieur nœud par nœud. Si vous avez les boîtes mais pas l’arbre, décrivez-les au créateur de cladogramme comme des groupes, « Hominoidea contient le gibbon et les Hominidae ; Hominidae contient l’orang-outan et les Homininae », et il dessine l’arbre à partir de l’emboîtement.
Les éléments d'un cladogramme
Les cladogrammes se lisent d’un manuel à une revue parce qu’ils sont tous bâtis avec la même poignée d’éléments. Voici les termes que vous rencontrerez en les lisant, et ceux que le créateur de cladogramme peut étiqueter pour vous :
Racine
La base de l'arbre — l'ancêtre commun de tout ce qui est montré.
Nœud
Point de branchement : dernier ancêtre commun des lignées qui en partent.
Branche
Une lignée entre deux nœuds. Sa longueur ne signifie rien.
Extrémité (taxon)
Un groupe terminal — espèce, genre ou ensemble plus large comparé.
Clade
Un nœud avec tous ses descendants, et rien d'autre.
Groupe externe
Le taxon extérieur au groupe étudié ; il enracine l'arbre.
Synapomorphie
Caractère dérivé marqué là où il apparaît, partagé ensuite.
Polytomie
Trois lignées ou plus d'un même nœud — l'ordre reste non résolu.
Un même arbre se dessine de bien des façons. Un cladogramme peut être rectangulaire, oblique ou disposé en échelle, et les branches de n’importe quel nœud pivotent librement — rien de tout cela ne change les relations qu’il énonce. Deux schémas qui ne se ressemblent en rien peuvent être le même arbre. Demandez au créateur de cladogramme n’importe laquelle de ces dispositions : l’emboîtement qu’il dessine reste le même.
Lire un cladogramme sans le mal lire
Presque toutes les erreurs sur ces schémas viennent de ce qu’on prête au dessin ce que l’arbre ne dit pas, et aucun créateur de cladogramme ne peut empêcher un lecteur de le faire. Trois pièges méritent d’être nommés :
Le taxon de droite n'est pas le plus évolué
La position parmi les extrémités est une convention de dessin, pas un classement. Toutes les extrémités actuelles ont derrière elles exactement le même temps depuis la racine — une mousse est aussi moderne qu'un tournesol. Faites pivoter les branches d'un nœud : l'arbre est inchangé.
La proximité se mesure par les nœuds, pas sur la page
Deux extrémités imprimées côte à côte peuvent être des parentes éloignées. Ce qui compte, c'est l'endroit où leurs lignées se rejoignent : les taxons les plus proches sont ceux qui partagent l'ancêtre commun le plus récent, si éloignés soient-ils sur la figure.
Une extrémité n'est pas l'ancêtre d'une autre
Un cladogramme ne dit jamais qu’un groupe actuel descend d’un autre. Les ancêtres siègent aux nœuds, et ils sont hypothétiques — inférés à partir des caractères, et non l’un des organismes dessinés aux extrémités. Le créateur de cladogramme ne dessine jamais une extrémité comme l’ancêtre d’une autre.
Les cinq questions de toute fiche d’exercices sur les cladogrammes
Les fiches d’exercices sur les cladogrammes reprennent les cinq mêmes types de questions, quels que soient les organismes représentés. Chacune a une réponse mécanique dès qu’on sait où regarder, et une fois que vous savez y répondre, vous pouvez aussi vérifier un arbre que le créateur de cladogramme a dessiné pour vous.
- 1
Quels sont les deux organismes les plus proches parents ?
Cherchez le nœud le plus récent qui les réunit. La paire qui partage le nœud le plus jeune est la plus proche, si éloignés soient-ils à l’impression. La ressemblance n’est pas une preuve : les oiseaux ressemblent davantage aux chauves-souris qu’aux crocodiles.
- 2
Quel caractère distingue X de Y ?
Remontez les deux extrémités jusqu’au nœud où elles se rejoignent, puis avancez d’une branche vers le taxon le plus dérivé. La marque sur cette branche est le caractère que X possède et que Y n’a pas.
- 3
Quels organismes possèdent le caractère Z ?
Trouvez la marque de Z et lisez toutes les extrémités situées au-dessus. Un caractère dérivé est partagé par tous les descendants du nœud où il apparaît pour la première fois, sauf si l’arbre signale une perte. Le créateur de cladogramme marque chaque caractère une seule fois : une marque, un nœud.
- 4
Où se trouve le plus récent ancêtre commun de X et Y ?
Au nœud où leurs lignées se rejoignent. C’est une population hypothétique, pas l’un des organismes des extrémités : la réponse est donc un nœud, jamais un nom.
- 5
Ce groupe est-il un clade ?
Seulement s’il correspond à un nœud et à toutes les extrémités situées au-dessus. Un groupe qui laisse de côté certains descendants est paraphylétique ; un groupe réuni à partir de branches différentes est polyphylétique. Ni l’un ni l’autre ne compte.
Entraînez-vous sur un arbre
Quatre arthropodes et un escargot comme groupe externe, quatre caractères dérivés, disposés en escalier comme le dessine le créateur de cladogramme. Répondez d’abord, puis ouvrez chaque ligne.
Quel organisme est le plus proche parent du coléoptère ?
La sauterelle. Ils partagent le nœud le plus jeune, celui marqué « ailes ». Le lépisme a lui aussi six pattes, mais il s’est séparé un nœud plus tôt.
Quel caractère distingue le lépisme de l’écrevisse ?
Les six pattes. Tous deux ont des pattes articulées ; la marque qui suit la séparation de l’écrevisse est « six pattes », que le lépisme possède et que l’écrevisse n’a pas.
« Les animaux sans ailes » (escargot, écrevisse, lépisme) forment-ils un clade ?
Non. Aucun nœud n’a exactement ces trois-là pour descendants ; ils sont ce qui reste quand on retire un clade, ce qui rend le groupe paraphylétique. La sauterelle et le coléoptère forment un clade : le nœud « ailes » et tout ce qui se trouve au-dessus.
Collez le tableau de votre propre fiche dans le créateur de cladogramme, choisissez Arbre + matrice de caractères, et vérifiez vos réponses sur l’arbre qu’il dessine.
Trois vérifications avant d’exporter depuis le créateur de cladogramme
Le créateur de cladogramme dessine ce que vous demandez, y compris un arbre faux. Trois points méritent un coup d’œil avant que la figure n’entre dans un polycopié ou une thèse. Chacun se corrige en une phrase de plus adressée au créateur de cladogramme.
Le groupe externe est seul et se sépare en premier
Si le créateur de cladogramme l’a placé dans le groupe étudié, un caractère de votre tableau est codé à l’envers. Inversez-le et régénérez.
Chaque clade nommé est un nœud et tous ses descendants
Des « reptiles » dessinés sans les oiseaux ne forment pas un clade. Le créateur de cladogramme étiquettera le groupe si vous le demandez : le nom relève de votre responsabilité, pas de celle de l’outil.
Chaque caractère n’apparaît qu’une fois
Un caractère marqué sur deux branches distinctes signifie que le créateur de cladogramme l’a lu comme apparu deux fois. Si ce n’est pas ce que disent les données, renommez le caractère ou fusionnez les lignes, puis relancez.
Créateur de cladogramme ou logiciel de phylogénie ?
On se tourne vers un créateur de cladogramme et vers un logiciel de phylogénie pour des tâches différentes, et le plus rapide pour choisir est de se demander d’où l’on part. Si vous avez un alignement de séquences et qu’il vous faut un arbre estimé à partir de lui, il vous faut un logiciel d’inférence. Si vous connaissez déjà les relations, ou avez un tableau de caractères, et que c’est la figure qui vous manque, le créateur de cladogramme est le chemin le plus court.
| Créateur de cladogramme | MEGA / IQ-TREE | iTOL | FigTree | |
|---|---|---|---|---|
| Point de départ | Une description, un tableau de caractères ou une chaîne Newick | Un alignement de séquences | Un fichier d’arbre existant | Un fichier d’arbre existant |
| Produit | Une figure finie dans le style du créateur de cladogramme que vous choisissez | Un arbre avec valeurs de soutien | Un arbre mis en forme à partir de votre fichier | Un arbre mis en forme à partir de votre fichier |
| Longueurs de branches | Aucune, par principe : le créateur de cladogramme n’énonce que l’ordre | Estimées à partir des données | Reprises du fichier | Reprises du fichier |
| Soutien bootstrap ou probabilités a posteriori | Non | Oui | Affiché si le fichier le contient | Affiché si le fichier le contient |
| Marques de caractères, matrice, extrémités illustrées | Oui, les trois | Non | En partie, via des fichiers d’annotation | Non |
| Retouche après le dessin | Oui, dans l’espace de travail du créateur de cladogramme | Relancer l’analyse | Mise en forme seulement | Mise en forme seulement |
| Délai jusqu’à une figure utilisable | Une minute environ | Des heures, plus le choix du modèle | Quelques minutes, une fois l’arbre obtenu | Quelques minutes, une fois l’arbre obtenu |
Utilisez les deux quand il vous faut les deux. Estimez l’arbre dans IQ-TREE, puis passez la topologie au créateur de cladogramme sous forme de chaîne Newick et laissez-le dessiner la version pédagogique, caractères marqués et silhouette à chaque extrémité.
Cladogramme, phylogramme et chronogramme
Un cladogramme est un arbre phylogénétique — celui qui ne montre que l’ordre de ramification. Dans un phylogramme, la longueur des branches est proportionnelle à la quantité de changement génétique ; dans un chronogramme, elle représente le temps. Les trois énoncent les mêmes parentés, mais seul le cladogramme ne dit rien sur combien ni sur combien de temps. Demander si un schéma est « un cladogramme ou un arbre phylogénétique » revient à demander si la longueur de ses branches signifie quelque chose.
| Cladogramme | Phylogramme | Chronogramme | |
|---|---|---|---|
| La longueur d’une branche indique | Rien | La quantité de changement génétique | Le temps écoulé |
| Extrémités alignées | Oui, au ras à droite | Non — elles s’arrêtent où s’arrête leur changement | Oui, au présent |
| Axe des temps | Non | Non | Oui, en années ou en millions d’années |
| Construit à partir de | Caractères dérivés partagés | Données de séquence et d’un modèle | Séquences et calibrations fossiles |
| Donne l’ordre de ramification | Oui | Oui | Oui |
| Répond à « à quel point différents ? » | Non | Oui | Non |
| Répond à « il y a combien de temps ? » | Non | Non | Oui |
Un cladogramme n’est jamais « moins exact » qu’un phylogramme — il affirme moins. Si vos données soutiennent l’ordre de ramification mais pas les vitesses, le cladogramme est le schéma honnête à tracer. C’est d’ailleurs le seul type que dessine le créateur de cladogramme.
Homoplasie, parcimonie et polytomies
Les vrais tableaux de caractères sont rarement aussi nets qu’une fiche d’exercices. Trois notions couvrent presque tous les cas où les données refusent de s’emboîter, et chacune s’accompagne d’une convention de dessin.
Homoplasie
Un caractère partagé par des taxons qui ne l’ont pas hérité d’un ancêtre commun. Les ailes des oiseaux et des chauves-souris sont le cas classique, la convergence ; un caractère perdu de nouveau, comme les pattes chez les serpents, est une réversion. Sur l’arbre, un caractère homoplasique apparaît sur deux branches distinctes, ou apparaît puis est barré plus loin. Codez-le tel qu’il est ; ne supprimez pas la colonne pour rendre l’arbre plus net. Le créateur de cladogramme le dessine sur les deux branches quand le tableau l’indique.
Parcimonie
Quand deux arbres conviennent tous deux au tableau, celui qui exige le moins de changements de caractères l’emporte. Comptez les pas : chaque endroit où un caractère doit apparaître ou disparaître en vaut un. Donnez au créateur de cladogramme un tableau qui comporte un conflit et la note de l’espace de travail nomme le caractère qu’il n’a pas pu placer une seule fois ; le choix parcimonieux vous revient, en reformulant les groupes.
Polytomie
Un nœud d’où partent trois branches ou plus indique que l’ordre n’est pas résolu, et non que trois lignées se sont séparées à la fois. Dessinez-en une quand vos caractères ne permettent pas de départager les taxons, et dites-le dans la légende. Décrivez les trois au créateur de cladogramme comme un seul groupe sans emboîtement supplémentaire et il dessine la polytomie au lieu de deviner.
Un tableau où chaque caractère correspond à exactement un nœud est parfaitement cohérent, et les exercices de manuel sont construits ainsi à dessein. Les jeux de données réels ne le sont pas : c’est pourquoi les logiciels de phylogénie calculent un indice de cohérence, et pourquoi le créateur de cladogramme signale un conflit au lieu de le masquer.
Où utilise-t-on les cladogrammes ?
Fiches, révisions et comptes rendus
Fiches d’exercices, fiches de révision et comptes rendus de TP sur l’évolution. Donnez au créateur de cladogramme le tableau de caractères et obtenez la matrice et le schéma dans une seule figure, ou une version tableau blanc pour le cours lui-même.
Conférences et médiation scientifique
Le style illustré place un organisme à chaque extrémité, ce qu’exigent une diapositive ou un article de vulgarisation. C’est le type de figure qu’un logiciel de phylogénie ne trace pas, et que le créateur de cladogramme produit en une seule passe.
Articles, thèses et posters
Des arbres rectangulaires nets, avec des noms de taxons et des étiquettes de clades exacts, pour une introduction, une revue de littérature ou un panneau de poster. Le créateur de cladogramme part du nom du groupe : ni logiciel d’arbres ni fichier de données à préparer.
Du créateur de cladogramme à la page
Le créateur de cladogramme exporte par défaut en 1K, ce qui suffit pour une figure de revue sur une colonne à 300 dpi, une fiche imprimée en A4 et n’importe quelle diapositive. Passez en 2K quand l’arbre a plus de dix extrémités ou s’étend sur deux colonnes, et en 4K pour un panneau de poster.
Quelle taille exporter
| Destination | Export | Pourquoi |
|---|---|---|
| Fiche d’exercices ou polycopié, A4 | 1K, 16:9 ou 3:2 | S’imprime à environ 240 dpi sur la largeur de la page ; les étiquettes restent lisibles en corps 10 |
| Diapositive de cours, 16:9 | 1K depuis le créateur de cladogramme | Un écran n’en demande jamais plus ; c’est ici que le style illustré se lit le mieux |
| Figure de revue, une colonne | 1K, agrandi si la revue exige 600 dpi | La plupart des instructions aux auteurs demandent 300 dpi pour un dessin au trait de 85 mm de large |
| Figure sur deux colonnes ou poster | 2K ou 4K | Au-delà de douze extrémités sur 180 mm, les noms de taxons ont besoin de ces pixels supplémentaires |
Les noms de taxons sont les premiers à lâcher aux petites tailles ; le créateur de cladogramme leur fixe donc une hauteur minimale. Si un nom passe encore à la ligne, réduisez-le au genre ou demandez le style rectangulaire, qui laisse aux étiquettes toute la marge de droite.
Rédiger la légende de la figure
Une légende de cladogramme énonce quatre choses : ce que montre l’arbre, d’où vient la topologie, ce que signifient les marques sur les branches, et le fait que la longueur des branches ne porte aucune information. Les relecteurs réclament les deux dernières plus souvent que les auteurs ne s’y attendent. Le créateur de cladogramme vous donne la topologie et les marques ; les mots sont les vôtres, et ce modèle les couvre.
Figure 2. Cladogramme des cinq groupes de vertébrés étudiés. La topologie suit la matrice de caractères du tableau 1, avec la lamproie comme groupe externe. Les traits indiquent le nœud où chaque caractère dérivé apparaît pour la première fois. La longueur des branches est arbitraire et ne représente ni le temps ni l’ampleur du changement. Arbre dessiné avec le créateur de cladogramme de Scientific Figure.
Créateur de cladogramme, générateur ou logiciel ?
Les recherches emploient tous ces mots pour le même type d’outil — créateur, générateur, logiciel, « faire un cladogramme en ligne » —, et les pages qui y répondent font le même travail : transformer une liste de taxons ou un tableau de caractères en arbre dessiné. Quand on fait une distinction, un générateur de cladogramme désigne plutôt un outil qui part d’un tableau et en déduit la topologie, alors qu’un créateur de cladogramme peut se contenter de mettre en page un arbre déjà connu. Celui-ci fait les deux : quel que soit le mot qui vous a amené ici, les étapes ci-dessus s’appliquent.
Questions fréquentes sur le créateur de cladogramme
Comment fonctionne le générateur de cladogramme par IA ?
Vous décrivez le groupe en langage courant. Le créateur de cladogramme dégage d’abord les clades emboîtés — quels taxons forment chaque groupe, et quel caractère dérivé marque chaque nœud — puis trace l’arbre avec exactement vos noms de taxons aux extrémités. Donnez-lui seulement un nom de groupe et il s’appuie sur la phylogénie actuellement admise ; donnez-lui une matrice de caractères et il construit l’arbre que ces données impliquent.
Le créateur de cladogramme peut-il construire un arbre à partir d’un tableau de caractères ?
Oui, et c’est ce qu’il fait le mieux : si vous cherchiez un générateur de cladogramme à partir d’un tableau, vous y êtes. Collez le tableau et choisissez le style Arbre + matrice de caractères : le taxon qui compte le moins de caractères dérivés devient le groupe externe, chaque caractère étiquette le nœud où il apparaît pour la première fois, et la figure finale montre l’arbre à côté de la matrice dont il est issu.
Le créateur de cladogramme lit-il le format Newick, ou un arbre que j’ai déjà établi ?
Oui. Collez une chaîne Newick ou écrivez simplement la topologie : le créateur de cladogramme la dessine exactement telle que spécifiée, sans la « corriger » vers la version des manuels. Si votre demande contredit la phylogénie admise, le schéma suit votre instruction et la note de votre espace de travail vous le signale.
Le créateur de cladogramme est-il un logiciel de phylogénie ?
Non. Il produit des figures d’arbres pour l’enseignement, les publications, les diapositives et les articles, pas d’inférence phylogénétique. S’il vous faut un arbre estimé à partir de séquences avec des valeurs de soutien, utilisez MEGA, RAxML, IQ-TREE ou iTOL ; s’il vous faut un cladogramme net et correct en une minute environ, le créateur de cladogramme est la voie la plus rapide. Le tableau comparatif ci-dessus met les deux côte à côte.
Quelle différence entre un cladogramme et un arbre phylogénétique ?
Tout cladogramme est un arbre phylogénétique, mais il ne montre que l’ordre de ramification : la longueur de ses branches est arbitraire. Un phylogramme met la longueur des branches à l’échelle du changement évolutif, un chronogramme à celle du temps. Le matériel pédagogique et la plupart des figures conceptuelles emploient des cladogrammes, parce que ce sont les relations qui comptent. Le créateur de cladogramme ne dessine que le premier type.
Le créateur de cladogramme est-il gratuit ? Puis-je utiliser les figures commercialement ?
Vous pouvez utiliser le créateur de cladogramme avec l’offre gratuite, les exports portant alors un filigrane. Les offres payantes retirent le filigrane et débloquent tous les modèles ainsi que l’export haute résolution ; vous pouvez utiliser vos schémas dans des cours, des publications et des supports commerciaux.
Comment lit-on un cladogramme ?
Il se lit aux nœuds, pas en travers de la page. Deux extrémités sont proches parentes si le nœud qui les réunit est près des extrémités, et éloignées s’il faut redescendre jusqu’à la racine pour les relier, quelle que soit leur proximité à l’impression. Les extrémités ne sont pas classées de gauche à droite, et aucune extrémité actuelle n’est plus évoluée qu’une autre : toutes ont eu le même temps depuis la racine. C’est précisément pour cela que le créateur de cladogramme aligne les extrémités sur la droite.
Qu’est-ce qu’un clade ?
Un clade, c’est un nœud de l’arbre et tous ses descendants, sans exception. Les oiseaux et les crocodiles avec leur ancêtre commun forment un clade ; les « reptiles » au sens courant n’en forment pas, puisque le terme exclut les oiseaux tout en incluant leur ancêtre. Un groupe qui laisse de côté certains descendants est paraphylétique, un groupe assemblé à partir de branches non apparentées est polyphylétique ; ni l’un ni l’autre n’est un clade. Demandez au créateur de cladogramme d’étiqueter un clade : l’étiquette se place au nœud, jamais sur une zone de la page.
Qu’est-ce qu’un groupe externe et pourquoi en faut-il un ?
Le groupe externe est un taxon dont on sait qu’il se situe hors du groupe étudié ; c’est lui qui indique quels états de caractère sont ancestraux, et donc où placer la racine. Sans groupe externe, un schéma de ramification n’a pas de sens de lecture : le même arbre pourrait être enraciné à plusieurs endroits et dirait alors des choses très différentes sur les parentés. Nommez le groupe externe dans votre demande et le créateur de cladogramme enracine l’arbre sur lui.
Que signifie un nœud sur un cladogramme ?
Un nœud est le plus récent ancêtre commun de tout ce qui se trouve au-dessus de lui. C’est une hypothèse, pas un fossile : il représente une population ancestrale dont les caractères impliquent l’existence, et il n’a le plus souvent ni nom ni spécimen associé. Le créateur de cladogramme laisse les nœuds sans nom, sauf si vous leur donnez un nom de clade.
Qu’est-ce qu’une synapomorphie ?
Une synapomorphie est un caractère dérivé partagé par tous les membres d’un clade parce qu’il est apparu chez leur ancêtre commun : les plumes chez les oiseaux, ou le cœur à quatre cavités chez les oiseaux et les crocodiles ensemble. Les synapomorphies constituent la preuve du regroupement ; les caractères simplement ancestraux, ou apparus séparément, n’en sont pas. Dans le style échelle pédagogique, le créateur de cladogramme écrit chaque synapomorphie à côté de la branche où elle apparaît pour la première fois.
Comment construire un cladogramme à partir de zéro ?
Commencez par un tableau de caractères : les taxons en lignes, les caractères en colonnes, groupe externe compris. Le taxon qui partage le moins de caractères dérivés avec les autres se sépare en premier, et chaque caractère dérivé supplémentaire marque le nœud suivant. Collez ce tableau dans le créateur de cladogramme et l’arbre en est construit directement, ou décrivez le groupe avec des mots et c’est la phylogénie actuellement admise qui sera utilisée. L’exemple traité plus haut déroule un tableau à cinq taxons.
Deux cladogrammes d’allure différente peuvent-ils montrer les mêmes parentés ?
Oui, et c’est l’erreur de lecture la plus fréquente. Les branches de chaque nœud pivotent librement, et le même arbre peut être tracé à angles droits, en biais ou en échelle. Deux schémas qui ne se ressemblent pas du tout peuvent être des arbres identiques : seul l’emboîtement des nœuds porte de l’information. Faites pivoter n’importe quel nœud dans l’espace de travail du créateur de cladogramme : l’arbre qu’il énonce ne change pas.
Sources
À explorer aussi
Nos autres outils de schémas, et les guides qui vont avec.
Outils
Ouvrir le créateur de cladogramme
D’une liste d’organismes à un arbre prêt à publier en une minute environ, dans le créateur de cladogramme.
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