DNA複製工具

DNA複製示意圖產生器

產生帶標註的 DNA 複製示意圖:解旋酶、引子酶、聚合酶和連接酶所在的複製叉,領先股與帶岡崎片段的延遲股,複製泡和端粒酶。適合生物課堂。

DNA複製示意圖範例

四張DNA複製示意圖分別是全標註複製叉、簡明過程圖、領先股與延遲股特寫,以及空白學習單。每張都是依所附提示詞實際生成的圖,點選即可載入該提示詞並修改。

全標註複製叉
簡明過程圖
領先股 vs 延遲股
空白學習單

帶標註的DNA複製示意圖:參與DNA複製的酵素與作用

帶標註的DNA複製示意圖通常要畫出的蛋白質、各自的功能,以及它們在複製叉上的位置。除非你要求精簡,這就是預設的標註組合。

標註各種酶、領先股與延遲股的DNA複製叉示意圖
以大腸桿菌為例的一個複製叉:親代雙螺旋在解旋酶處打開,分開的兩股上都結合著單股結合蛋白;領先股上是帶滑動夾的DNA聚合酶III;延遲股上有RNA引子、岡崎片段、DNA聚合酶III、DNA聚合酶I與DNA連接酶;每一股的末端都標出5′或3′。下方是六個步驟的說明與兩個子代DNA分子。表格中列出了引子酶與拓樸異構酶,但圖上沒有畫;提出要求就會加上。
酶或蛋白質功能在圖中的位置
解旋酶消耗ATP,打斷鹼基對之間的氫鍵,解開雙螺旋複製叉頂端,親代雙螺旋分開處
單股結合蛋白(SSB)結合在分開的單股上,防止它們重新配對沿兩條暴露的單股分布
拓樸異構酶暫時切斷再重新接合DNA,消除複製叉前方的超螺旋複製叉前方尚未解開的雙螺旋上
引子酶合成短的RNA引子,作為DNA聚合酶的起點模板股上;延遲股一側每個岡崎片段一個
DNA聚合酶III細菌的主要複製酶,依5′→3′方向加入核苷酸兩條新股上,從引子處向前延長
滑動夾環狀蛋白,把DNA聚合酶固定在DNA上隨之移動每個聚合酶處環繞DNA
DNA聚合酶I移除RNA引子,並以DNA填補空缺延遲股上,已完成片段的引子處
DNA連接酶形成磷酸雙酯鍵,接合切口相鄰兩個岡崎片段之間

不同階段要求畫出的數量不同。國中自然通常只談到DNA會複製;高中生物要求理解半保留複製與解旋酶、DNA聚合酶的作用,準備學測、分科測驗時常再加上引子、岡崎片段與DNA連接酶;大學課程還會區分DNA聚合酶I與III、畫出滑動夾。指定需要的標註,就只畫這些。

所有示意圖工具

複製叉、複製泡、岡崎片段:依重點分的DNA複製示意圖

DNA複製有三種尺度的畫法:整個分子複製自己、一個複製泡,或一個複製叉上的各種酵素;也有些圖會再聚焦到單一酵素。說明你需要哪一種;預設是上面那張完整的複製叉。

複製叉示意圖

親代雙螺旋分開形成的Y形:解旋酶在叉尖,單股結合蛋白結合在打開的單股上,拓樸異構酶在前方尚未解開的雙螺旋上;領先股朝著複製叉連續延伸,延遲股以岡崎片段的形式背離複製叉延伸。每一股的末端都應標出5′或3′;最先檢查兩條模板股是否反向平行。

複製泡示意圖

複製起點被打開成一個泡,兩端各有一個複製叉,彼此背向移動,因為複製是雙向進行的。每一條模板股在一個複製叉處被複製成領先股,在另一個複製叉處被複製成延遲股,所以複製泡兩側的岡崎片段位在相反的股上。把兩側的岡崎片段畫在同一股上,是常見的錯誤。

領先股與延遲股示意圖(岡崎片段)

兩條新股的特寫:一條從單一引子開始連續合成的領先股,以及由片段組成的延遲股。每個片段在細菌中約1,000~2,000個核苷酸,在真核生物中約100~200個,各自由一個RNA引子起始。畫出最靠近複製叉的最新片段仍帶著引子,較早的片段正由DNA聚合酶I把引子換成DNA,DNA連接酶接合最後的缺口。

DNA複製過程示意圖

把過程畫成編號步驟,可以標在複製叉上,也可以畫成流程圖:解旋酶在複製起點解開雙螺旋,單股結合蛋白讓兩股保持分開,拓樸異構酶消除前方的扭轉,引子酶合成RNA引子,DNA聚合酶III依5′→3′方向延伸引子,DNA聚合酶I把引子換成DNA,DNA連接酶把片段接起來。

DNA聚合酶示意圖

一個聚合酶位在引子與模板的交界處:進來的核苷酸與下一個模板鹼基配對,接到新股游離的3′-OH端,同時釋出焦磷酸。如果要講校對功能,就加上3′→5′核酸外切酶位點:聚合酶退回一步,切除配錯的鹼基後再繼續合成。

解旋酶示意圖

把解旋酶畫成由六個次單元組成的環,套在一條單股上,利用ATP在複製叉處把兩股拆開;它後方有單股結合蛋白覆蓋在單股上,前方有拓樸異構酶消除過度纏繞。

端粒酶示意圖

末端複製問題與它的解決方式。線狀染色體末端最後一個RNA引子被移除後,留下的空缺無法填補,所以每複製一次,染色體就會變短。端粒酶自帶RNA模板,在突出單股的3′端加上TTAGGG重複序列。它在生殖細胞與成體幹細胞中有活性,在大多數成人的體細胞中則沒有。

原核與真核生物DNA複製比較

並排畫出:細菌的環狀染色體從一個複製起點開始複製,兩個複製叉在對側相遇;真核生物的線狀染色體有許多複製起點,各個複製泡不斷擴大直到合併。標出差異:每秒約1,000個核苷酸對50~100個,DNA聚合酶III對DNA聚合酶α、δ與ε,β滑動夾對PCNA,以及只有真核生物才有端粒酶。

DNA複製簡圖

一座梯子從中間拉開,每一半各自與新的鹼基配對,最後得到兩個相同的分子。舊股用一種顏色、新股用另一種顏色,不必文字說明也看得出半保留複製的結果。最多五個標註,適合遺傳學的第一堂課。

DNA複製示意圖是什麼?

DNA複製示意圖呈現細胞如何在複製叉處複製DNA:解旋酶把兩股分開,引子酶鋪上短的RNA引子,DNA聚合酶依5′→3′方向合成每一條新股,其中領先股連續合成,延遲股以岡崎片段分段合成,最後由DNA連接酶接合缺口。複製完成的每個分子都含一條舊股和一條新股。

重點

  • DNA複製是半保留複製。每個子代分子都保留一條親代股,並與一條新合成的股配對。梅塞爾森與史塔爾以先在重氮、後在輕氮中培養的大腸桿菌證明了這一點。
  • 新DNA只能沿5′→3′方向延長。DNA聚合酶只能把核苷酸加在游離的3′-OH末端,因此每條新股都從引子開始,並與模板股反向平行。
  • 一條新股連續合成,另一條分段合成。領先股從一個引子出發朝複製叉方向合成;延遲股背離複製叉,以短的岡崎片段合成,每段都有自己的RNA引子。
  • 引子是RNA,之後會被替換。引子酶合成的RNA引子長約5~10個核苷酸;在細菌中,DNA聚合酶I把它們換成DNA,剩下的切口由DNA連接酶接合。
  • 細菌只有一個複製起點,真核生物有許多個。大腸桿菌從單一起點出發,約42分鐘複製完含460萬鹼基對的染色體;人類基因體的複製起點多達10萬個。

領先股和延遲股有什麼不同?

領先股從一個引子出發,朝複製叉方向連續合成;延遲股背離複製叉,以短的岡崎片段分段合成,每段都由自己的RNA引子起始,最後由DNA連接酶接成一條。兩股都沿5′→3′方向延長,差別來自兩條模板股方向相反。

領先股延遲股
合成方向朝向複製叉背離複製叉
合成方式連續,一次成股不連續,以岡崎片段合成
RNA引子只在起始處一個每個岡崎片段一個
模板與3′→5′親代股互補與5′→3′親代股互補
大腸桿菌的主要聚合酶DNA聚合酶IIIDNA聚合酶III
真核生物的主要聚合酶DNA聚合酶εDNA聚合酶δ
合成之後唯一的引子被換成DNA每個引子都被替換,DNA連接酶把片段接起來

延遲股應畫成一排短線段,箭頭背離複製叉,離複製叉最近的最新片段上還帶著RNA引子。把延遲股畫成一整條箭頭,或讓箭頭指向複製叉,是最先要檢查的錯誤。

關於DNA複製示意圖的常見問題

帶標註的DNA複製示意圖應該包含哪些內容?

標準內容包括親代DNA、複製叉、解旋酶、單股結合蛋白、拓樸異構酶、引子酶與RNA引子、DNA聚合酶III、領先股、帶岡崎片段的延遲股、DNA聚合酶I與DNA連接酶,並標出每一股的5′端與3′端。這是預設內容;要求減少標註,就只畫你要的那些。

什麼是複製泡?

複製起點處被打開的一段DNA,兩端各有一個複製叉,朝相反方向移動。因為複製從起點往兩個方向進行,複製泡會一直擴大,直到與相鄰的複製泡接在一起。真核生物的染色體上會同時形成許多複製泡;大腸桿菌的環狀染色體只有一個複製起點,兩個複製叉在環的另一側相遇。

為什麼延遲股要以岡崎片段的形式合成?

因為DNA聚合酶只能沿5′→3′方向合成,而兩條模板股反向平行。在一條模板上這個方向朝向複製叉,可以連續合成;在另一條上方向相反,複製叉每解開一段新模板,聚合酶就要從一個新引子重新開始。

解旋酶和拓樸異構酶有什麼不同?

解旋酶在複製叉處打斷鹼基對之間的氫鍵,把兩股分開;拓樸異構酶在複製叉前方作用,消除解旋造成的過度纏繞。它的做法是暫時切斷DNA再重新接合。

引子酶做什麼?為什麼需要RNA引子?

引子酶合成長約5~10個核苷酸的短RNA引子,為DNA聚合酶提供所需的游離3′-OH末端。DNA聚合酶無法自己從頭開始合成一條股。領先股只需一個引子,延遲股的每個岡崎片段各需一個。

DNA聚合酶I和DNA聚合酶III有什麼不同?

在大腸桿菌中,DNA聚合酶III是延長兩條新股的主要複製酶;DNA聚合酶I負責移除RNA引子並換成DNA。之後,DNA連接酶接合每個替換處與相鄰片段之間的切口。

為什麼說DNA複製是半保留複製?

因為每個新DNA分子都保留一條原來的股,並與一條新合成的股配對。梅塞爾森與史塔爾先用重氮、再用輕氮培養大腸桿菌:一代之後DNA只形成一條中等密度的帶,兩代之後旁邊又出現一條輕帶,只有半保留複製能產生這種結果。

真核生物和原核生物的DNA複製有什麼不同?

真核生物每條染色體有多個複製起點(人類基因體多達10萬個),速度約每秒50~100個核苷酸;大腸桿菌只有一個起點,速度約每秒1000個核苷酸。此外,真核生物使用DNA聚合酶α、δ、ε,滑動夾是PCNA,由RNase H移除引子,並以端粒酶延長染色體末端。

能畫一張給國中生看的簡單DNA複製圖嗎?

可以。要求簡明過程圖,就只保留重點:雙螺旋解開,每條舊股各與一條新股配對,最後得到兩個相同的DNA分子。國中階段通常五個標註以內就夠了。

工具怎麼確保股的方向與酵素的位置正確?

內建了學科層面的要求。每張圖都被要求依教科書的標準畫法繪製:兩股反向平行,新股沿5′→3′方向延長,岡崎片段只出現在延遲股上;每個標註拼寫正確,放在直引線末端。列印前請對照你的課本核對術語,在畫布上可以就地修改任何標註。

這裡產生的 DNA 複製圖可以用在講課或論文裡嗎?

可以,產生的 DNA 複製圖歸你所有,可用於遺傳學學習單、講課簡報、實驗報告與學位論文。依模型不同最高可匯出 4K。

產生後能把酵素名稱縮寫,或翻譯標註嗎?

可以。畫布能辨識每一個標註,你可以把「單股結合蛋白」縮寫成「SSB」,翻譯整套標註,把壓在複製叉上的文字挪開,或替新股換色,都不必重新產生整張圖。

繪製你的DNA複製示意圖

從一句話到一張標好各種酵素與兩條新股的複製叉圖,大約一分鐘。

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